Tokom 1588. godine u turskom popisu se navodi manastirsko imanje manastira Mala Remeta i čini se da ono nije bilo malo. Možda je i zato tokom 1566. godine određena otkupna cena od čak 6000 aspri (akči). Međutim, manastiru nije bio suđen miran život tako da je nedugo potom spaljen (verovatno od Turaka) i odmah zatim raseljen. Od tada je ovaj manastir napušten, ali (čini se 1679. godine) patrijarh Arsenije Čarnojević dozvoljava monasima manastira Rače da se nasele u Malu Remetu. U to vreme manastir je bio u potpunim razvalinama pa su ga monasi iz Rače obnovili. Možda od tog događaja i potiče priča da je kralj Dragutin Malu Remetu poklonio ovim monasima. Od tada se Mala Remeta vodi kao metoh Beočinskog manastira. Iz toga vremena potiče i manastirski pečat.